农禅要在中国推行，首先面临与佛教戒律相冲突的问题。在印度戒律里规定僧人应以乞食为生，不得垦土掘地，以免杀死地下的生命，也为了避免滋生烦恼，干扰修行。不但掘地耕种被禁止，连挖地、种树、种菜也不允许。而中国的文化价值以尚农为主，且国土广袤，对劳动力的需求很大，难以容忍一个群体可以与尘世脱离，不事生产，向人乞食，不尽生产义务，不受王权监管，故自佛教传入中国以后，出家僧众不事生产招致不少非难。直至唐代，这种指责还延续不断，如唐代道士李仲卿《十异九迷论》中说：若一女不织，天下为之苦寒；一男不耕，天下为之少食。今释迦垂法，不织不耕。经无绝粒之法，田空耕稼之夫。教缺转炼之方，业废机纴之妇。是知持盂振锡，糊口谁凭？左衽偏衣，于何取托？故当一岁之中，饥寒总至，未闻利益，已见困穷。世不能知，其迷四也。
为适应中国的风土民情，有些中国僧人以佛制的随方毗尼及随事制戒方式作为原则，调整僧伽的生存方式，在此过程中发展出一套适合中国实际情况的僧团管理制度，称为僧制，其中包括沙弥耕作寺田和僧徒许蓄私财的内容。《大宋僧史略》卷中记载：凿空开荒，则道安为僧制之始也。而道安本人为沙弥时就有耕种寺田的经历：释道安驱役田舍至于三年，执勤就劳曾无怨色，笃性精进，斋戒无阙。数岁之后方启师求经，师与《辩意经》一卷，可五千言。安赍经入田，因息就览。但当时寺院从事农业生产不是很普遍，是一种诚非所宜，事不得已而为之的暂时现象，没有成为维持僧团生存和发展的主要经济方式，寺院经济来源主要还是信众或政府的财物、田园供养和赐赠，或通过做佛事获取，且没有从理论上对这些僧制进行佛教戒律上的检审与回应。
到禅宗祖师道信、弘忍时期，以四仪皆是道场，三业咸为佛事的禅学思想指导下，提出了坐作并重的思想，提倡从事生产劳动，垦荒耕田，以解决山间僧众的生存问题，并认为劳作是坐禅的基本保障，是修行不可或缺的重要组成部分，由此正式将生产劳动以资养色身的方式列入了禅行当中，成为禅众修道首先要做的事情。坐作并重通过垦荒定居、自耕自养的方式，改变了以前禅宗游方修头陀行的修学方式，为持续扩大的流动僧众找到了安身立命之所，更为以后禅僧团持续稳定发展提供了有力经济保障。不过坐作并重并不等同于农禅，其中的坐与农的地位是不同的，对道信、弘忍来说，努力静坐才是根本，是重心，而农业生产则是获得一口食填塞饥病的一种手段和方法。得食之后，便不作，而闭门坐了，这体现了坐和作两者只是形式上的结合，而实质上两者还是处于两隔状态，这种行持方式没有将禅运用到生产活动中，也没有将劳作的活动与场景作为悟道因缘，没能体现出农即禅、在农中体悟禅的特征。
随着禅宗的发展，从马祖道一禅师以下，提倡的平常心是道、一切言语动作皆为佛性妙用禅学思想，使禅修走入了日常生活和劳作中，开创了农禅方式，使农与禅完全结合起来。因当时马祖僧团已然成为江南的选佛场，影响很大，而弟子们继承或开创的丛林又遍布湘赣皖浙闽等地，农禅作为丛林中最基本修禅方式和经济制度，不得不引起整个佛教界的注意，所遭非议自然很多。且自达摩至百丈怀海的三百年间，禅僧通常居于律寺，禅宗的行仪修持不能全部遵守律寺的制度，遂使禅宗僧人于说法住持之间，不合规度之事常有发生。传统戒律与禅宗僧之间的不适宜处已经充分显露出来，戒律的束缚对禅宗及农禅的发展必然有很大影响。
关于农禅与戒律的调适，应放置于整个禅宗创立过程中对戒律的融通与回应这个背景中来检视。禅宗在创立初期，就由于它在外在形式上存在悖于戒律的行为，特别是运斤运刃，无避种生的农耕而遭到非议，所以在禅宗内部，一直有着对戒律的融通与回应。禅宗融通的传统是将戒与禅结合起来，将戒融合于禅，并将之安置于心性。依禅宗的明心见性、教外别传、不立文字、以心传心的宗旨而言，其修行方式是无念、无住、不著于相，强调的是不历阶次的顿悟，由此立于心地的无相戒法是禅门独有的戒律观。无相戒法的经典依据和思想根源，是《梵网经菩萨戒本》佛性戒思想和大乘中观的般若智慧。
达摩虽没有专门论述过戒律，但从他的禅法思想中可以见其戒律观的端倪。他与梁武帝关于功德问题的对答中透露出他对善恶因果关系的认识。帝又问：朕造寺度人，写经铸像，有何功德？大师答曰：并无功德。此乃有为之善，非真功德。达摩从大乘般若思想的观点出发，认为真正的功德，要从无相、无执着的行善中才能得到。二祖慧可的戒律观，可以从他与僧璨有关忏罪的公案中了知：一居士年踰四十不言名氏，聿来设礼而问师曰：弟子身缠风恙，请和尚忏罪。师曰：将罪来与汝忏。居士良久云：觅罪不可得。师曰：我与汝忏罪竟，宜依佛法僧住。曰：今见和尚已知是僧，未审何名佛法？师曰：是心是佛，是心是法。法佛无二，僧宝亦然。曰：今日始知罪性不在内、不在外、不在中间。如其心然，佛法无二也。从中可以看到，在戒律的观点上，慧可和菩提达摩一致，都是以般若思想看待戒律之相的。同时他将戒律置于心法之上，强调心法不二，从心地法门这个角度来诠释戒相，体现了禅门的特色。不过在达摩、慧可时期，由于他们是游化为务，还没有作为宗教集体定居下来，修禅者的生活实践多是个体行为，因此，如果律学外在行持方面出现了与戒相相背之处，也只是将之解释为个人行为，不会引起很大关注，所以他们也没有过多在戒律方面阐述与解释。
四祖道信、五祖弘忍东山法门的开创，使得禅宗僧团开始定居于黄梅，且人数众多，五祖时学众达七百多人，成为当时中国的禅学中心，在这种情况下，如果仍有违律事情发生，就不能再简单地解释为个人行为，务必要在戒律方面作出阐述。由此道信作《菩萨戒本》，结合东山法门的禅学思想，实行守心即持戒的戒律观。道信遵循的戒本，是以心地为基础的梵网戒本。梵网戒又称为佛性常住戒，也即菩萨戒，是众生本自具足的。《梵网经》卷二中说：一切众生戒，本源自性清净。由此可知，《梵网经》所开示的菩萨戒法，是以自性清净心、佛性为戒体的，正与东山法门的自性清净心的守一、守心禅法思想相合，守心即持戒的戒律观也由此而出。
禅宗发展到慧能时，更将般若思想彻底地运用于禅法思想与戒律理论中，在禅学思想上提出从自性出发，无念为宗、无相为体、无住为本的于念而无念的思想，并以此对戒定慧三学重新进行诠释：无相为体者，尊大戒也。无念为宗者，尊大定也。无住为本者，尊大慧也。夫戒定慧者，三乘之达道也。夫妙心者，戒定慧之大资也。以一妙心而统乎三法。
慧能的这种摒弃拘守律仪、超越外在戒相的无相戒法对后世南宗的影响很大，随着马祖、石头时代的触类是道、立处皆真、任运自在的平常心是道禅法思想的提出，无相戒法的精神实质得到更充分体现，外在戒相对于自足自心的南宗门人来说已可有可无了，但需要说明的是，无相戒的提出，并不能直接得出禅师摒弃戒律、放任自流的结论。将无相戒安置于自性，则是将戒律从外在的戒相转而重视内在戒规。而戒律与自性的关系，慧能说道：戒本源自性清净，吾戒定慧見性之人，立亦得，不立亦得，认为戒规本来是根源于自性，而自性本来清净，不染一物，所以从心地的体性来说，可以是实际理地不受一尘。这种无相戒的安置，可以给戒律的诠释以更多的灵活空间，而又不至于使禅修流于放任。农禅对佛教戒律的回应，也是从禅宗的自性无相戒的理路来进行的。
对农禅与戒律冲突作出合理合法的回应，是禅宗发展过程所必须解决的问题。百丈怀海禅师对此做出了杰出贡献，他一方面锐意创建独立的禅寺――丛林，使之从律寺中分离出来；另一方面又致力于禅寺戒律制度建设，并在戒律上对之进行解释和拣择，使禅宗农禅方式建立在如法的基础之上。
百丈怀海禅师以清规的形式把农禅方式确定为寺院普遍施行的规则，并命名为普请法。在定制之前，他必然首先需要在戒律的层面上着手解决农禅制度的合法性问题。百丈的禅学思想特色是他倡导的三句语：有――无――非有非无，是禅境的三个阶次的总结。对此三句语，百丈以初善、中善、后善的三乘深浅次序排列：初善，于清浊、凡圣、世间出世间等法，无丝毫爱取，依住不爱取，是声闻人，是二乘道；中善，既不爱取，亦不依住不爱取，是无色界，是禅那病，是菩萨缚；后善，既不依住不爱取，亦不作不依住知解，免堕菩萨乘，见自己佛性，如佛地断二愚。再进一步透此三句，不被此三段管，才是最上乘、上上智。初善、中善、后善涵盖了三乘――小乘、菩萨乘、最上乘的不同的禅修境界。三句语给人的感觉是百丈站在禅宗的立场上对整个佛教的禅修心境次第的一次总结和判教，而不象道信、慧能、马祖禅师一样处在禅宗的立场上对禅法思想进行创立与建树。这是他们禅宗史上的使命不同使然，道信、慧能、马祖禅师完成的禅学思想建树的使命，将禅修与自性结合起来，并以般若思想的无相将禅宗的遣相与超脱逐步推向了高潮。在戒律观上，相应于这种大乘禅法，融禅于戒，直接提出了无相戒，立于大乘戒法，摒弃小乘戒法。而百丈则是在前辈的基础上以三句语的方式对禅修境界作出总结，这次总结是对整个佛教的总结，其论述则要涵盖三乘，而不能仅仅从大乘的角度直接论述。
在这种戒律观的指导下，百丈对农禅涉及的戒律问题第一次作出了理论上的回应：问：斩草伐木、掘地垦土，为有罪报相否？师云：不得定言有罪，亦不得定言无罪。有罪无罪，事在当人。若贪染一切有无等法，有取舍心在，透三句不过，此人定言有罪。若透三句外，心如虚空，莫作虚空想，此人定言无罪。又云：罪若作了，道不见有罪，无有是处。若不作罪，道有罪，亦无有是处。如律中本迷煞人，及转相煞，尚不得煞罪。何况禅宗下相承，心如虚空，不停留一物，亦无虚空相，将罪何处安著。亦云禅道不用修，但莫污染。对于垦田、掘地、伐木等违戒是否有罪、无罪的问题，百丈的解答是从禅者的心性角度论述，若心性透脱，与空、中道相应，自心无贪著、取舍，便无罪过。若不透脱，定言有罪。可见怀海是以透过三句外、心不执着如虚空的禅门宗旨来解释农耕时有否犯杀生戒的问题，将戒融入禅中，将戒置于内心，结果就是以超越戒相的无相戒法来使农禅方式建立在如法如理的基础上，百丈怀海从理论上为僧尼从事农耕扫除了障碍。
当然，超越戒相并非意味着可以胡作非为，全然弃戒。若透不过定言有罪的解说，则要求禅僧在具体行持上严格持戒。在具体行持上，百丈更是以身作则，并以行持严谨而得善称，这可从大安参百丈的公案看到：师（大安）即造于百丈，礼而问曰：学人欲求识佛，何者即是？百丈曰：大似骑牛觅牛。师曰：识后如何？百丈曰：如人骑牛至家。师曰：未审始终如何保任？百丈曰：如牧牛人执杖视之，不令犯人苗稼。师自兹领旨，更不驰求。大似骑牛觅牛意思是说众生自性，本来清净，万法皆具，但他们却到处往外求佛求法，这如同骑着牛，却认为牛丢了，到处寻找一样。在回归自性后，如牧牛人执杖，视之不令犯人苗稼，则表明在体认自心后，要时时警觉，远离贪著、取舍、染污，不能有一丝一毫的违犯。
当农禅方式以禅门规式确定为普请后，百丈怀海更是以身作则，带头遵守清规，以一日不作、一日不食的作略而成为禅门守制的典范。有人劝止他时，怀海说：我无德以劳人。百丈怀海禅师每日除了领众修行外，必亲执劳役，勤苦工作，对于平常的琐碎事务，更不肯假手他人。虽腊岁已高，但还是与弟子们一起耕作劳动。弟子们不忍心让年迈的师父做这种粗重的工作，因此，大众恳请他不要随众出坡，但百丈禅师以无德劳人一语回绝，弟子们想方设法阻止他随众劳动。百丈禅师则以不吃饭的绝食行为抗议，弟子们无奈，只好让他随众生活。百丈禅师的这种一日不作，一日不食的精神，成为丛林千古的楷模，体现了他对清规一丝不苟的严格遵守，也显现了他非局大小乘，非异大小乘戒律观的特色。
农禅是南宗禅在禅学思想、修持方式与生存方式等方面的改革下应运而生，这种禅学思想和修持方法为指导，适应了中国本有的文化习俗，打破了印度原有的乞食、游化方式和沙门不得耕作的戒禁，在僧团中开始实行所有僧众通过农耕方式自作自食、自养自保的制度。农禅经济为禅宗的发展奠定了相对独立的经济基础，使禅宗走向了繁荣。农禅制度的创立进一步推进了佛教的中国化，使禅宗成为最富有中国特色的宗派。然其中国化的结果必然与原有印度佛教戒律发生冲突，为使农禅与戒律得以调和与融通，历代僧人对之进行了不同方式的回应。先有道安等人对之以佛制随方毗尼的方式制定符合中国本土的僧制，没有在理论上解决两者的冲突。后有禅宗历代僧人以般若思想与戒律的融合，并置于心地法门的无相戒法来融通农禅与戒律的隔阂，直至百丈怀海禅师遵循无相戒的基础上对之进行直面的诠释与解答，全面解决了二者的冲突，使农禅方式建立在如理如法的基础上，并以清规的形式将农禅确立为天下丛林所循之僧制。
